南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。

学校设有两个校区（江宁校区和五台校区）。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1300亩，是行政、教学和科研中心。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学和研究中心。学校图书馆有纸质图书113万余册、中、外文电子图书540万余册，中、外文全文电子期刊约2.5万余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有11种学术期刊。

校徽

蛇杖代表医业和医学的神圣，是国际通用的医学标志，辟邪是南京的象征，表明地理位置，与其他在宁高校相统一。书卷代表教学科研，象征高校，盾，古代防护之兵器，盾形既传统又威严。发射的光芒，寓意前程似锦，蒸蒸日上。一深一浅，既给人视觉享受，又体现刚柔相济、阴阳糅合。1934特指创校时期。

校训

博学至精，明德至善

博学，意指学问丰富。至是达到。精，精深、完美之意。博学至精，指通过广泛的学习，掌握广博的知识，达到精通专业、臻于完美的境界。

明德，意指通晓道德，至是达到。善，善良、高尚之意。明德至善，指通过品德修养，明确道德责任，达到高尚的境界。

博学、明德，是寄望师生既在学业学术上有所成就，又追求美好的道德情操，品学兼优、德术双馨。至精、至善，是表明博学、明德的目标，以激励师生不断以高标准要求自己，锲而不舍、追求卓越，努力达到完善之境界。